Gender und Chancengerechtigkeit sind als Querschnittsaspekte in Horizont Europa verankert. Daraus leiten sich Anforderungen an Ausschreibungen und Antragstellende ab. Horizont Europa fördert außerdem einschlägige Projekte.
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In Horizont Europa wird in Artikel 6 a der Verordnung (Allgemeine Bestimmungen) eigens auf Gender und Chancengleichheit eingegangen. Hier ist festgelegt, dass Chancengleichheit und die Genderdimension in Forschung und Innovation durchgängig im Rahmenprogramm berücksichtigt werden sollen. Damit sollen auch Ursachen für Ungleichheit angegangen werden. Auch ist etwa für Begutachtungs- und Beratungsgremien auf eine geschlechterausgewogene Besetzung zu achten.
Im Spezifischen Programm von Horizont Europa wird die Bedeutung von Geschlechtergleichheit über das gesamte Programm hinweg ebenfalls betont, insbesondere im übergeordneten Artikel 2 ("Operative Ziele").
Zahlreiche Ausschreibungstexte fordern explizit die Berücksichtigung des Geschlechts, gegebenenfalls auch inhaltlicher Genderaspekte. Die Antragstellenden sollen darlegen, wie oder ob Frauen und Männer beziehungsweise die Kategorien männlich und weiblich getrennt beachtet werden und wie oder ob die Forschungsergebnisse unterschiedliche Konsequenzen für Männer und Frauen haben. Ein mögliches Beispiel sind hier unterschiedliche Krankheitssymptome bei Frauen und Männern, die in der medizinischen Forschung berücksichtigt werden müssen.
Chancengleichheit ist auch Teil des Mandats der Nationalen Kontaktstellen (NKS). Die NKS beziehungsweise die koordinierende Stelle für das NKS-System (in Deutschland das EU-Büro des BMBF) unterstützen Antragstellende durch Information über Neuerungen, durch Trainings und durch Hinweise auf Ressourcen, wie "Gender Toolkits" und "Gendered Innovations". Anlaufstelle für Gender und Chancengleichheit in Horizont Europa ist die Kontaktstelle Frauen in die EU-Forschung (FiF).
Daneben ist die explizite Förderung von Chancengerechtigkeit in Wissenschaft und Forschung einer der Schwerpunkte des Programmteils "Ausweitung der Beteiligung und Stärkung des Europäischen Forschungsraums", genauer dessen Komponente "Reformierung und Stärkung des europäischen Forschungs- und Innovationssystems". Hier werden Aktivitäten gefördert, die die Gleichstellung von Frauen und Männern in Forschung und Innovation unterstützen. Dabei steht häufig die Förderung des institutionellen Wandels im Vordergrund.
