In Horizont Europa soll die Beteiligung von kleinen und mittleren Unternehmen (KMU) gesteigert werden. Daher unterstützt das EU-Rahmenprogramm für Forschung und Innovation die Einbeziehung von KMU mit vielfältigen Fördermöglichkeiten.
Kleine und mittlere Unternehmen sind in allen Bereichen von Horizont Europa antragsberechtigt. Für kleine und mittlere Unternehmen, die an der Entwicklung eines Produkts, einer Dienstleistung oder eines Verfahrens arbeiten, sind insbesondere die Fördermöglichkeiten mit Schwerpunkt Innovation und Marktaufnahme von Interesse, die zur dritten Säule "Innovatives Europa" gehören. Das sind der Europäische Innovationsrat (EIC), die Europäischen Innovationsökosysteme und das Europäische Innovations- und Technologieinstitut (EIT). Ausschließlich an kleine und mittlere Unternehmen richtet sich der EIC Accelerator.