Um die Einhaltung der Rechte und Pflichten aus der Finanzhilfevereinbarung zu prüfen, kann die Europäische Kommission Kontrollen, Prüfungen, Rechnungsprüfungen und Untersuchungen (Checks, Reviews, Audits and Investigations) durchführen.
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Die Europäische Kommission kann jederzeit in laufenden Projekten bei einzelnen Beteiligten Prüfungen nach Artikel 25.1.1 der Finanzhilfevereinbarung (Grant Agreement) durchführen. Nachdem die Projektbeteiligten die Berichte eingereicht haben, kann die Kommission beispielsweise veranlassen, dass die Konsistenz einzelner eingereichter Dokumente mit dem Arbeitsplan des Projekts überprüft wird. Auch eine Überprüfung der Einhaltung von ethischen Prinzipien ist möglich. Die Projektbeteiligten sollten bei Verträgen mit Unterauftragnehmern und anderen in das Projekt eingebundenen Dritten darauf achten, vertraglich festzulegen, dass die Europäische Kommission auch hier die ordnungsgemäße Einbindung dritter Einrichtungen überprüfen kann. Die Europäische Kommission kann diese Prüfungen selbst oder durch extern beauftragte Fachleute durchführen.
Eine Prüfung (Review) der Europäischen Kommission nach Artikel 25.1.2 der Finanzhilfevereinbarung umfasst in der Regel die Überprüfung der technischen Umsetzung der Maßnahme. Das Review kann aber im Rahmen der Überprüfung von Pflichten aus dem Zuwendungsvertrag auch finanzielle und budgetäre Aspekte beinhalten. Die Europäische Kommission kann beispielsweise prüfen wie die geplanten und genutzten Ressourcen im Verhältnis zum im Projekt erzielten Fortschritt stehen und ob sie den Grundsätzen der Wirtschaftlichkeit, Effizienz und Effektivität entsprechen. Reviews können für einzelne Projekte auch fest vorgesehen werden. Die Europäische Kommission kann noch bis zu dem im Datenblatt der Finanzhilfevereinbarung festgelegten Zeitraum Prüfungen durchführen.
Die Europäische Kommission hat den Auftrag zu überprüfen und sicherzustellen, dass die Fördergelder des EU-Rahmenprogramms Horizont Europa zweckmäßig verwendet werden. Die Rechnungsprüfung (auch Second-Level-Audit genannt) nach Artikel 25.1.3 der Finanzhilfevereinbarung kann dabei durch Angestellte der Europäischen Kommission oder durch private Wirtschaftsprüfungsunternehmen im Auftrag der Europäischen Kommission erfolgen.
Neben großen Einrichtungen mit den höchsten Fördersummen und von der Europäischen Kommission als "high risk" eingestuften Einrichtungen können auch alle anderen Zuwendungsbegünstigten nach dem Zufallsprinzip geprüft werden.
Da ein solches Audit alle Projektbegünstigten bis zwei Jahre nach Auszahlung der Schlusszahlung (siehe Punkt 6 im Datenblatt der Finanzhilfevereinbarung) treffen kann, sollten die Einrichtungen ein ordnungsgemäßes und transparentes Finanzmanagement verfolgen und alle Belege und Rechnungen mit Projektbezug sorgfältig aufbewahren. Die Aufbewahrungspflicht für die Dokumente gilt für fünf Jahre nach Auszahlung der Schlusszahlung (siehe Datenblatt der Finanzhilfevereinbarung).
Stellt die Europäische Kommission dabei fest, dass nicht erstattungsfähige Kosten abgerechnet worden sind, kann sie eine Rückzahlung des entsprechenden Betrages verlangen (Artikel 27 der Finanzhilfevereinbarung). Im Falle eines systematischen Fehlers nimmt die Europäische Kommission an, dass sich dieser Fehler auf alle Abrechnungen einer Einrichtung im EU-Rahmenprogramm bezieht. Im ungünstigsten Fall muss die Einrichtung dann sämtliche Kosten der abgeschlossenen und laufenden Projekte nachrechnen, sie korrigieren und entsprechende Rückzahlungen leisten. Ist eine Vielzahl von Projekten betroffen, hat die Kommission auch die Möglichkeit, eine Extrapolation vorzunehmen und einen Pauschalsatz zurückerstatten (Artikel 25.5.2 der Finanzhilfevereinbarung).
Neben der Rückzahlung zu viel gezahlter Beträge kann die Europäische Kommission nach Artikel 34 der Finanzhilfevereinbarung Schadensersatz oder eine zusätzliche Vertragsstrafe fordern.
Sofern der Verdacht eines Betrugs oder einer unerlaubten Handlung gegen Projektbeteiligte oder gegen im Projekt eingebundene Dritte besteht, kann das Amt für Betrugsbekämpfung (OLAF) nach Artikel 25.4 der Finanzhilfevereinbarung Audits durchführen. Das Ergebnis der Überprüfung wird dann an die Europäische Kommission weitergeleitet, die über das weitere Verfahren entscheidet.
Im Rahmen der Überprüfung der Arbeit der Europäischen Kommission kann auch der Europäische Rechnungshof Prüfungen (Third-Level-Audits) bei den Zuwendungsempfängern und den eingebundenen dritten Einrichtungen durchführen.
