Die Europäische Kommission zahlt Fördergelder in der Regel in mehreren Raten in Form einer Vorfinanzierung, Zwischenzahlungen sowie einer Schlusszahlung aus. Dies stellt einen kontinuierlichen Finanzfluss während der gesamten Projektlaufzeit sicher.
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Jeder Finanzhilfevereinbarung (Grant Agreement) ist ein Datenblatt vorangestellt. Dieses enthält einen Berichts- und Auszahlungsplan, der angibt, zu welchem Zeitpunkt im Projektverlauf berichtet werden muss und wann Zahlungen erfolgen. Die Europäische Kommission überweist alle Zahlungen an die koordinierende Einrichtung. Diese leitet sie unverzüglich an die Projektpartner weiter, wenn nicht im Konsortium zum Beispiel in einem Konsortialvertrag etwas anders vereinbart wurde (Artikel 22.1 Finanzhilfevereinbarung).
Die Zahlungen der Europäischen Kommission bestehen in der Regel aus einer Zahlung zur Vorfinanzierung und je nach Projektdauer aus einer oder mehreren Zwischenzahlungen sowie einer Schlusszahlung. Die Vorfinanzierung wird 30 Tage nach Inkrafttreten der Finanzhilfevereinbarung oder 10 Tage vor Projektbeginn ausgezahlt und zwar am jeweils späteren dieser beiden Termine.
Unter bestimmten Umständen können Projekte auch eine zweite Vorfinanzierung erhalten. Dann muss allerdings ein entsprechender Vorfinanzierungsbericht eingereicht werden. Die Höhe der Vorfinanzierung wird vertraglich in der Finanzhilfevereinbarung festgelegt und ist dem Datenblatt in Abschnitt 4.2 zu entnehmen. Die Vorfinanzierung bleibt Eigentum der Europäischen Union bis zur Schlusszahlung.
Von der Vorfinanzierung werden 5 Prozent der Gesamtfördersumme abgezogen und direkt in einen Fonds überwiesen. Dieser auf Gegenseitigkeit beruhende Versicherungsmechanismus (Mutual Insurance Mechanism) ersetzt in Horizont Europa den Garantiefonds. Mit Hilfe dieses Versicherungsfonds werden Risiken der EU für bestimmte Zahlungsausfälle abgesichert, zum Beispiel im Falle der Insolvenz eines Partners. Gegenüber der Europäische Union haften Zuwendungsempfänger damit nur für ihre eigenen Verbindlichkeiten. Bestehen allerdings finanzielle Forderungen zwischen den Projektbegünstigten untereinander, ist hierfür innerhalb des Konsortiums eine Lösung zu finden. Die Einzahlungen in diesen Versicherungsfonds werden am Ende des Projektes mit Auszahlung der Schlusszahlung an das Konsortium überwiesen.
Die Zwischenzahlungen werden von der Europäischen Kommission 90 Tage nach Erhalt der Zwischenberichte ausgezahlt. Mit Vorfinanzierung(en) und Zwischenzahlungen werden maximal 90 Prozent der Zuwendungssumme ausgezahlt. Das heißt, während der Projektlaufzeit stehen den Zuwendungsempfängern nur 85 Prozent der gesamten Fördersumme als Cashflow zur Verfügung. Die einbehaltenen 15 Prozent der Fördersumme werden mit der Schlusszahlung am Projektende ausgezahlt. Der Schlussbericht ist 60 Tage nach Projektende einzureichen.
Die Schlusszahlung erfolgt spätestens 90 Tage nach Annahme des Berichts. Dazwischen kann noch ein gewisser Zeitraum liegen, in dem offene Fragen geklärt werden.
Bei Projekten, die über Pauschalen (Lump Sums) finanziert werden, erfolgen die Zahlungen nach demselben Prinzip. Bei den Zwischenzahlungen zahlt die Europäische Kommission nach vollendeten Arbeitspakten aus. Der Cashflow im Projekt beträgt ebenfalls nur 85 Prozent, weil 5 Prozent der Fördersumme in den Versicherungsfonds fließen und während der Projektlaufzeit maximal 90 Prozent der Fördersumme ausgezahlt werden können. Der Restbetrag wird über die Schlusszahlung beglichen.
